Auf der Grundlage des bilateralen Luftverkehrsabkommens zwischen der Schweiz und der EU hatte die Schweiz am 10. Juni 2003 Beschwerde bei der EU-Kommission gegen die von Deutschland erlassenen Flugbeschränkungen in Bezug auf den Flughafen Zürich eingereicht. Die schweizerische Beschwerde wurde von der Kommission am 5. Dezember 2003 abgewiesen.
Der Bundesrat war mit den Schlussfolgerungen der EU-Kommission nicht einverstanden und reichte deshalb einen Rekurs gegen den Entscheid ein. Nach der Ablehnung der Nichtigkeitsklage durch das Europäische Gericht Erster Instanz am 9. September dieses Jahres legt nun der Bundesrat gegen den Entscheid beim Gerichtshof der Europäischen Union (EuGH) ein Rechtsmittel ein. Der Bundesrat schöpft damit alle der Schweiz auf der Grundlage des bilateralen Luftverkehrabkommens erwachsenden Rechte und Möglichkeiten aus.
Der Bundesrat teilt weder die Einschätzung des Europäischen Gerichts über die faktischen Folgen der Flugbeschränkungen noch die Beurteilung der rechtlichen Grundlagen. Mit dem Weiterzug der Klage an den EuGH wird die Schweiz insbesondere die Unverhältnismässigkeit der Massnahmen sowie eine Diskriminierung der Swiss International Air Lines geltend machen und ihre Rechte aus dem Luftverkehrsabkommen wahren.
Diskriminierend sind die Flugbeschränkungen für die Swiss International Air Lines, weil sie als Hauptbenutzerin des Flughafens mit Verkehrsdrehkreuz in Zürich am stärksten von diesen Beschränkungen betroffen ist. Sie wird dadurch im Vergleich zu ihren Wettbewerbern in ihrem Zugang zum EU-Luftverkehrsraum benachteiligt. Dies stellt eine indirekte Diskriminierung dar.